若きエージェント・スミス（ジョナサン・グロフ）
前3作ではヒューゴ・ウィーヴィングが演じた『マトリックス』（1999）より
三部作の最強の敵。一作目ではマトリックス世界を取り締まるエージェント、つまりはセキュリティプログラムのような存在だったが、続編ではマトリックスを蝕むウイルスのような存在となり、増殖を続けてコンピューターと人類の双方を悩ませる。新作では、こちらも若返って登場する模様。三部作と同一人物なのかは不明だが、やはり手ごわい存在!?
エージェント・ジョンソン（ダニエル・バーンハード）
三部作2作目の『マトリックス リローデッド』（2003）に登場したマトリックス内のエージェント。ネオやモーフィアスと死闘を繰り広げた。こちらも今回どんな役割を果たすのかは判明していないが、存在自体がコンピューター・プログラムなのだから、エージェント・スミスのようにネオらの敵となることは間違いないだろう。
もしかしたら、この中に最重要人物がいる？
初登場キャラクター4
バグズ（ジェシカ・ヘンウィック）
ネオを現実世界へと導く、ウサギのタトゥーを腕に入れた若い女性。マトリックス内で壮絶な戦いを演じていることからも、一作目におけるトリニティのポジションに近い!? いずれにしても、その活躍ぶりは気になるところ。
精神分析医（ニール・パトリック・ハリス）
マトリックス内と思われる世界で、現実を忘れたネオの話を聞いているセラピスト。予告編では、かなり意味深なことを話しており、マトリックスと現実の関係を知る、ネオの監視役的な存在なのではないかと思われる。
カウンターの女性（プリヤンカ・チョープラー）
これまた予告編で気になる存在。ダイナーで『不思議の国のアリス』を読んでいたところ、ネオに会って意味ありげにほほ笑む。正体はわからないが、三部作に登場した預言者オラクルの若い頃なのでは？……という説もあり。
??（クリスティーナ・リッチ）
出演者としてアナウンスされているキャストの中で、どんな役なのかわからないのがクリスティーナ。ウォシャウスキー監督の映画では『スピード・レーサー』のヒロインを務めたこともあり、今回も重要なキャラの可能性大!?
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